International Journal of Medical Laboratory

en شناسایی SNP های تشخیصی در ژن فاکتور فون ویلبراند با استفاده از ابزار های بیوانفورماتیک Identification of Diagnostic SNPs in Exon 28 of the Von Willebrand Factor Gene for Diagnosis of VWD Type 2B in Patients Referred to IBTO Coagulation Lab: In-silico Approach ژنتیک/ بیوتکنولوژی Genetics/ Biotechnology پژوهشي Research یکی از بارزترین اختلالات ارثی خونریزی، بیماری فون ویلبراند است. این بیماری ناشی از اختلالات ژنتیکی در فاکتور فون ویلبراند می باشد. اکثر ناهنجاری های مولکولی مرتبط با این اختلال در اگزون 28 این ژن واقع شده است.  در این راستا بررسی جهش در اگزون 28 ژن کد کننده VWF می تواند به شناسایی نوع VWD کمک کند و برای مدیریت بیماران با استفاده از استراتژی های مناسب مورد استفاده قرار گیرد. روش کار: 20 بیمار مشکوک به VWD از نظر ژنوتیپ اگزون 28 مورد بررسی قرار گرفتند. آزمایشات معمول انعقاد و همچنین توالی یابی ژن برای ارزیابی جهش انجام شد. تعیین ساختار سوم و بیماری زایی nsSNVs با استفاده از روش های بیوانفورماتیک قوی مورد بررسی قرار گرفت.   آزمایش گام به گام جهش‌های پرخطر با استفاده از SIFT، PolyPhen-2، I-Mutant 2.0، PHD-SNPg و SNPs&GO انجام شد. سپس ساختار ثانویه، حفاظت شدگی اسیدهای آمینه و ویژگی اسیدهای آمینه از طریق Protparam، Cofactor، Interprosurf، ConSurf، NetSurfP-2.0 و HOPE مورد بررسی قرار گرفت. یافته‌ها: جهش‌های N1231T، V1229G، V1316M و P1266Q در VWF شناسایی شدند.  ساختار سه بعدی VWF پیش بینی و ارزیابی شد.  جهش های P1266Q و V1316M به عنوان "جایگزینی غیر قابل تحمل"، آسیب رسان و بیماری زا پیش بینی می شود در حالی که جهش های V1229G و N1231T به عنوان "جایگزینی قابل تحمل"، خوش خیم و خنثی پیش بینی می شود. نتیجه‌گیری: جایگزینی اسید آمینه V1316M و P1266Q به عنوان جهش‌های پرخطر با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیک قوی در بیماران VWD تعیین شد.   <div style="text-align: justify;">Background and Aims: von Willebrand disease (VWD) is brought on by hereditary impairments in the von Willebrand factor (VWF). It has been determined that most of the molecular abnormalities are present in exon 28 of the VWF gene qualitative variations. In this regard, investigating mutations in exon 28 of the VWF coding gene can help identify the VWD type and can be used to manage patients by using appropriate strategies. Materials and Methods: 10 suspected VWD type 2B patients were investigated for the genotype of exon 28. Routine coagulation tests were performed for the patients. Molecular sequencing was also used for the evaluation of mutations in exon 28. Determining the tertiary structure of VWF can aid in understanding its functional residues and interactions. The nsSNVs’ pathogenicity was examined utilizing potent bioinformatics methods. Step-by-step testing of the high-risk mutations was done using SIFT, PolyPhen-2, I-Mutant 2.0, PHD-SNPg, and SNPs&GO. Then, the secondary structure, amino acid conservation, and feature of amino acids were investigated via Protparam, Cofactor, Interprosurf, ConSurf, NetSurfP-2.0, and HOPE. Results: N1231T, V1229G, V1316M, and P1266Q missense mutations in VWF were detected. 3D structure of VWF predicted and evaluated. Putative conserved domains were identified. P1266Q and V1316M amino acid substitutions are predicted as “Not tolerated substitution” damaging and Disease, while V1229G and N1231T amino acid substitutions are predicted as “tolerated substitution” benign and Neutral. Conclusion: V1316M and P1266Q amino acid substitutions were determined as high-risk mutations using powerful bioinformatics tools in VWD patients. </div> بیوانفورماتیک, بیماری فون ویلبراند, فاکتور فون ویلبراند In-silico, Single nucleotide polymorphism, Von Willebrand factor 127 143 http://ijml.ssu.ac.ir/browse.php?a_code=A-10-501-1&slc_lang=en&sid=1 Roshanak Shamriz روشنک شمع ریز r.shamriz@yahoo.com 0000-0001-5300-6316 No International Campus, Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd, Iran. پردیس بین الملل دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی Kamran Atarodi کامران عطاردی kam_at47@yahoo.com 0000-0001-5613-7426 No Blood Transfusion Research Center, High Institute for Research and Education in Transfusion Medicine, Tehran, Iran. مرکز تحقیقات انتقال خون، موسسه عالی تحقیقات و آموزش انتقال خون، تهران، ایران. Minoo Ahmadinejad مینو احمدی نژاد minooam@gmail.com 0000-0002-3082-5949 No Blood Transfusion Research Center, High Institute for Research and Education in Transfusion Medicine, Tehran, Iran. مرکز تحقیقات انتقال خون، موسسه عالی تحقیقات و آموزش انتقال خون، تهران، ایران. Nasrin Ghasemi نسرین قاسمی nghasemi479@gmail.com 0000-0002-1103-6004 Yes Abortion Research Center, Reproductive Sciences Institute, Shahid Sadoughi University of Medical Sciences, Yazd, Iran مرکز تحقیقات سقط جنین، پژوهشکده علوم تولید مثل، دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقی، یزد، ایران.